En la bibliografía científica existente se muestra evidencia en la relación entre desórdenes endocrinos y la Enfermedad Celíaca (Collin y col., 1994). Entre estos desórdenes destacarían las enfermedades vinculadas con el tiroides. Según un estudio realizado por Ventura y col., (2000) hay una prevalencia de un 14 % de personas con Enfermedad Celíaca que presentan desórdenes relacionados con el tiroides. Suelen ser tiroiditis autoinmunes, tiroiditis linfocitaria, o enfermedad de Graves-Basedow con una prevalencia aproximada del 5 %. Es más frecuente el hipotiroidismo que el hipertiroidismo.

Existen otras enfermedades asociadas a la Enfermedad Celíaca como el vitíligo, alopecia areata, artritis reumatoide, lupus eritematoso sistémico, síndrome de Sjögren, enfermedad de Addison, nefropatía por IgA, encefalopatía progresiva, síndromes cerevelosos, etc. Todas estas con menor prevalencia de Enfermedad Celíaca que las descritas anteriormente.